Le Quotidien du LABEX


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
Projet RECLIC : Recrutement des larves de poissons face à l’anthropisation du littoral dans la Caraïbe
Doctorante | Léa Vignaud | CRIOBE (EPHE) – BOREA (Université des Antilles), 2021-2023
Directeur de thèse : David Lecchini, Co-encadrante : Charlotte Dromard

Le LabEx CORAIL a octroyé une bourse doctorale à Léa Vignaud (projet RECLIC), portant sur l’étude de la nutrition des poissons récifaux de la Caraïbe au cours de leur recrutement.

OBJECTIF
L’objectif principal de cette thèse est d’étudier la nutrition des poissons de récif lors de leur phase de recrutement sur les récifs de la Guadeloupe. La nutrition sera étudiée tout au long du processus de métamorphose chez les recrues puis les juvéniles, afin de mettre en évidence les modifications morphologiques, physiologiques et écologiques développées lors de cette étape cruciale du cycle de vie des poissons.

LA RECHERCHE
Pour ce faire, les recrues et juvéniles de poissons seront étudiées sur six sites d’étude représentant les trois types de formations récifales présentes en Guadeloupe (récif barrière, frangeant et non bioconstruits), et présentant des conditions environnementales contrastées, notamment en termes de perturbations anthropiques (aménagements, proximité des agglomérations…).

Le projet de thèse se divise en trois chapitres. Tout d’abord, un suivi ichtyologique des adultes, juvéniles et recrues sera réalisé mensuellement sur chaque site, durant un an, afin d’étudier les variations spatio-temporelles du recrutement larvaire. Cette étude nous permettra de déterminer l’abondance et la richesse spécifique des individus en fonction de leur stade de développement au cours de l’année.

Dans un second temps, quatre espèces cibles seront choisies et collectées, à différents stades de développement (post-larves, recrues et juvéniles), pour étudier les modifications morphologiques et écologiques liées à la nutrition des poissons lors de leur métamorphose. Ces analyses porteront sur

  1. l’anatomie et la morphologique générale du système buccal et digestif,
  2. les sources alimentaires consommées et assimilées, par observation directes du contenu du tractus digestif, approche métagénomique et isotopiques,
  3. l’expression des hormones thyroïdiennes.

Enfin, une expérience de translocation est prévue afin d’appréhender les modifications liées à la nutrition lors du changement de site environnemental.

Les résultats des différentes expérimentations seront comparés entre les sites, respectivement du type de récif étudié, afin d’évaluer l’impact des pressions anthropiques sur le processus de nutrition alimentaire chez poissons de récif lors des stades précoces de développement.

LE ROLE DU LABEX
Ce projet supporté financièrement par le LabEx, permet d’une part la formation d’une jeune doctorante, mais aussi de développer la recherche sur la nutrition des poissons récifaux au cours de leur recrutement, un sujet encore peu étudié.

 

Crédit image : 
Sur cette photo c'est l'installation de pièges que l'on nomme SMURF (Sample Monitoring Unit for Reef Fishes) afin de capturer des poissons en vue des analyses prévues dans la thèse. © Sébastien Cordonnier

Contact : Charlotte Dromard


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
Projet DUNE : Diversité et évolution des algues vertes Udoteaceae et Rhipiliaceae (Bryopsidales, Chlorophyta)
Doctorant | Lagourgue Laura (IRD- BPA5, Nouméa, Nouvelle-Calédonie, 2016-2019) Responsable(s) : Claude Payri, Directrice de recherche IRD, Directrice adjointe UMR ENTROPIE (IRD-Univ.Réunion-UNC-CNRS-Ifremer), IRD- BPA5, Nouméa, Nouvelle-Calédonie

FR/ Les macroalgues sont des éléments essentiels des écosystèmes marins y compris des récifs coralliens, particulièrement concernés par les changements globaux, et dont la préservation représente un enjeu majeur. C’est dans ce contexte que deux études, récemment publiées, ont été réalisées sur deux familles de macroalgues vertes, caractéristiques des flores marines tropicales mais paradoxalement peu étudiées. Elles ont été menées au sein de l’UMR ENTROPIE à l’IRD de Nouméa par Laura Lagourgue (durant son doctorat) et Claude Payri (DR IRD), dans le cadre du Projet DUNE financé par le LabEx CORAIL (bourse doctorale). Ces études ont permis, grâce à une riche collection de spécimens provenant des trois océans (Pacifique, Indien et Atlantique), et l’analyse de données moléculaires et morphologiques, de mettre à jour une diversité spécifique et générique insoupçonnée. Ainsi, cinq nouveaux genres (3 pour les Udoteaceae ; 2 pour les Rhipiliaceae ) et 33 nouvelles espèces (13 pour les Udoteaceae ; 20 pour les Rhipiliaceae) ont été découvertes et leur description est en cours. Ces travaux ont également permis de redéfinir l’aire de distribution des espèces, de reconsidérer les relations phylogénétiques et de proposer une révision taxonomique à l’échelles des deux familles investiguées. De plus, pour mieux comprendre la diversité spécifique et morphologique qui caractérise ces familles, des analyses de la diversification et de l’évolution des caractères morphologiques par inférence des traits sur la phylogénie ont également été réalisées. L’ensemble de ces résultats contribuent à la connaissance patrimoniale des flores marines tropicales de plusieurs régions du monde (Caraïbes, Ouest de l’Océan Indien et Pacifique Sud-Ouest) et des écosystèmes coralliens auxquels elles sont associées, et permettront de faciliter les futurs travaux sur ces groupes.

LE ROLE DU LABEX : Ce travail a été financé par le biais d’une bourse doctorale (projet DUNE) obtenue auprès du LabEx CORAIL.

CITATION(S) :

Lagourgue, L. and Payri, CE, 2020. Large scale diversity reassessment, evolutionary history, and taxonomic revision of the green macroalgae family Udoteaceae (Bryopsidales, Chlorophyta). J Syst Evol., https://doi.org/10.1111/jse.12716

Lagourgue, L. and Payri, CE, 2021. Diversity and taxonomic revision of tribes Rhipileae and Rhipiliopsideae (Halimedaceae, Chlorophyta) based on molecular and morphological data. J. Phycol (in press).

Voir aussi :

Lagourgue L., Puillandre, N., Payri, C.E., 2018. Exploring the Udoteaceae diversity (Bryopsidales, Chlorophyta) in the Caribbean region based on molecular and morphological data. Molecular Phylogenetics and Evolution. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.06.023

L. Lagourgue, H. Verbruggen, E.E. Ampou & C.E. Payri (2019) One hundred years later, resurrection of Tydemania gardineri A. Gepp & E. Gepp (Udoteaceae, Chlorophyta) based on molecular and morphological data, European Journal of Phycology, https://doi.org/10.1080/09670262.2019.1654618

CONTACT
Claude PAYRI, Directrice de recherche, IRD, UMR ENTROPIE

https://www.labex-corail.fr/wp-content/uploads/Peyri_IMAGE2_29mars_2021-1272x500.png

EN /

PROJECT DUNE : Diversity and Evolution of the Green Algae Udoteaceae and Rhipiliaceae (Bryopsidales, Chlorophyta)

Macroalgae are key elements of marine ecosystems, including coral reefs, which are particularly affected by global changes, and whose preservation represents a major challenge. It is in this context that two studies, recently published, were conducted on two families of green macroalgae, characteristic of tropical marine flora but paradoxically little studied. They were conducted at the UMR ENTROPIE at IRD in Noumea by Laura Lagourgue (during her PhD) and Claude Payri (DR IRD), within the framework of the DUNE Project financed by the LabEx CORAIL (PhD grant). These studies have allowed, thanks to a rich collection of specimens from the three oceans (Pacific, Indian and Atlantic), and the analysis of molecular and morphological data, to update an unsuspected specific and generic diversity. Thus, five new genera (3 for the Udoteaceae; 2 for the Rhipiliaceae) and 33 new species (13 for the Udoteaceae; 20 for the Rhipiliaceae) have been discovered and their description is in progress. This work also allowed to redefine the distribution area of the species, to reconsider the phylogenetic relationships and to propose a taxonomic revision at the scale of the two families investigated. In addition, to better understand the species and morphological diversity that characterizes these families, analyses of diversification and morphological evolution by inference of traits on phylogeny have also been carried out. All these results contribute to the heritage knowledge of the tropical marine flora of several regions of the world (Caribbean, Western Indian Ocean and Southwestern Pacific) and the coral ecosystems with which they are associated, and will facilitate future work on these groups.


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
Projet SUCCESS : Recrutement corallien et successions écologiques sur des coulées de laves sous-marines d’âges différents à La Réunion
Mehdi ADJEROUD, Directeur de Recherche, IRD, UMR ENTROPIE

Une équipe de l’UMR ENTROPIE (IRD, Université de La Réunion, CNRS, Ifremer, Université de la Nouvelle-Calédonie), financé par le LabEx CORAIL (projet SUCCESS) a étudié un phénomène rare : comment les coulées de lave réunionnaises sont colonisées par les coraux ? Les chercheurs ont comparé les récifs de l’ouest de l’île, vieux de plusieurs milliers d’années avec les récifs jeunes des coulées volcaniques de l’est.

Les éruptions volcaniques sont fréquentes à La Réunion et la lave du Piton de la Fournaise, un des volcans les plus actifs du monde, atteint parfois l’océan. Ces coulées sous-marines destructrices ravagent les coraux et leurs habitants, tués par l’augmentation de la température de l’eau dans un premier temps mais deviennent ensuite un support de vie. Le but de ces travaux était de comprendre comment les coraux colonisent et ont colonisé les contours de La Réunion pour former les récifs que nous connaissons dans l’ouest et le sud de l’île.

Pour cette étude, Florian Jouval, doctorant financé par une bourse de thèse du LabEx CORAIL encadré par Lucie Penin et Mehdi Adjeroud, a observé en plongée des coraux sur des coulées de lave d’âge différents pour les comparer aux coraux des récifs de l’ouest, plus anciens, de manière à établir une chronologie de la naissance d’un récif. De plus, des carreaux de céramique ont été placés sur les coulées de lave et dans les récifs de l’ouest pour analyser et comparer l’installation de très jeunes coraux (moins de six mois), encore invisibles à l’œil nu.

Les premiers résultats ont montré que les coraux de l’est grandissent aussi vite et de manière aussi dense que ceux des récifs de l’ouest. Cependant, les chercheurs ont remarqué que des espèces de coraux manquaient à l’appel sur les coulées de lave, peut-être les plus sensibles aux vagues, plus intenses de ce côté de l’île. Les études de la colonisation des coulées de lave sous-marines se poursuivent pour cette équipe de chercheurs qui ont le privilège d’étudier un phénomène rarement observé dans le monde : la naissance d’un récif.

CITATION(S) :

Jouval F, Bigot L, Bureau S, Quod JP, Penin L, Adjeroud M (2020). Diversity, structure and demography of coral assemblages on underwater lava flows of different ages at Reunion Island and implications for ecological succession hypotheses. Scientific Reports 10: 20821 (https://doi.org/10.1038/s41598-020-77665-z)

CONTACT
Mehdi ADJEROUD, Directeur de Recherche, IRD, UMR ENTROPIE

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ENGLISH /

PROJECT SUCCESS : Coral recruitment and ecological successions on submarine lava flows of different ages in La Reunion

A team from UMR ENTROPIE (IRD, University of Reunion, CNRS, Ifremer, University of New Caledonia), financed by the LabEx CORAIL (SUCCESS project) studied a rare phenomenon: how are the lava flows of Reunion are colonized by corals? The researchers compared the reefs of the west of the island, which are several thousand years old, with the young reefs of the volcanic flows of the east.

Volcanic eruptions are frequent on Reunion Island and the lava from Piton de la Fournaise, one of the most active volcanoes in the world, sometimes reaches the ocean. These destructive underwater flows ravage the corals and their inhabitants, killed by the increase in water temperature at first but then becoming a life support.

The aim of this work was to understand how corals colonize and have colonized the contours of Reunion Island to form the reefs we know in the west and south of the island. For this study, Florian Jouval, a doctoral student funded by a LabEx CORAIL thesis grant supervised by Lucie Penin and Mehdi Adjeroud, observed corals on lava flows of different ages while diving in order to compare them to corals from the older western reefs, so as to establish a chronology of the birth of a reef. In addition, ceramic tiles were placed on the lava flows and in the western reefs to analyze and compare the installation of very young corals (less than six months old), still invisible to the naked eye.

Initial results showed that the eastern corals are growing as fast and as densely as those on the western reefs. However, the researchers noticed that some coral species were missing on the lava flows, perhaps the most sensitive to the waves, which are more intense on this side of the island. The studies of the colonization of underwater lava flows continue for this team of researchers who have the privilege to study a phenomenon rarely observed in the world: the birth of a reef.


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
Les sons de deux espèces de poissons de la Caraïbe décrits pour la première fois
Post-Doctorant | Frédéric Bertucci | Université des Antilles (UA), Guadeloupe | 2019-2020
Responsable(s) : Malika René Trouillefou, Maître de Conférences, Université des Antilles (UA) et David Lecchini, Directeur d'Études, École Pratique des Hautes Études (EPHE)/CRIOBE USR 3278 PSL Université Paris : EPHE-CNRS-UPVD

Plus de 800 espèces de poissons au sein de plus de 100 familles ont déjà été rapportées pour être capable de produire des sons. Mais ce nombre est très probablement sous-estimé et, par conséquent, de nombreux sons produits par les poissons restent à décrire. Deux études menées par Frédéric Bertucci (chercheur contractuel) et Malika René-Trouillefou (MCF UA) au sein du Laboratoire de biologie marine BOREA à l'Université des Antilles en Guadeloupe dans le cadre du projet EMuL financé par le LabEx CORAIL et en collaboration avec l’Université de Liège (Eric Parmentier) et le CRIOBE (David Lecchini) viennent apporter leurs pierres à cet édifice en étudiant 2 espèces de la Caraïbe : la hachette cuivrée (Pempheris schomburgkii) et la gorette dorée (Haemulon aurolineatum). Ces résultats décrivent à la fois les caractéristiques des signaux sonores de ces poissons, leur temporalité mais également les structures anatomiques et les mécanismes responsables de la production de sons en illustrant leur caractère uniques pour les 2 familles. Connaitre le répertoire vocal d’un maximum d’espèces permettra de développer une surveillance acoustique passive de la diversité des poissons et en particulier dans cette région encore peu explorée d’un point de vue acoustique et ainsi suivre l’évolution des paysages acoustiques et de l’état de santé des récifs coralliens.>

EN/ More than 800 species of fish within more than 100 families have already been reported to be able to produce sound. But this number is most likely underestimated and, therefore, many sounds produced by fish have yet to be described. Two studies carried out by Frédéric Bertucci (assistant researcher) and Malika René-Trouillefou (Associate professor) in the BOREA marine biology laboratory at the University of French West Indies in Guadeloupe as part of the EMuL project, funded by the Laboratory of Excellence CORAIL, and in collaboration with the University of Liège (Eric Parmentier) and the CRIOBE (David Lecchini) bring their contribution to this initiative by studying 2 species of the Caribbean: the glassy sweeper (Pempheris schomburgkii) and the tomtate grunt (Haemulon aurolineatum). These results describe the characteristics of the sound signals of these fish, their temporality but also the anatomical structures and the mechanisms responsible for the production of sounds by illustrating their unique character for the 2 families. Knowing the vocal repertoire for a maximum number of species will make it possible to develop passive acoustic monitoring of the diversity of fish and in particular in this region which is under-explored from an acoustic point of view and to monitor the health of coral reefs.

 

LE ROLE DU LABEX : Le financement de ces 2 études a été assuré par le LabEx CORAIL, à travers le projet EMuL. Ce financement a permis pour la première fois de mener des études d’écologie acoustique dans la caraïbe francophone. Les autres sources de financement incluaient la Fondation de France (2019-08602), l’ANR-19-CE34-0006-Manini et les Fonds de la Recherche scientifique – FNRS (T.0192.20 – PDR).

CITATION(S) :

Bertucci F, Parmentier E, Hillion A, Cordonnier S, Lecchini D & René-Trouillefou M. 2021. First highlight of sound production in the glassy sweeper Pempheris schomburgkii (Pempheridae). Marine Biology, 168(3): 32. https://link.springer.com/article/10.1007/s00227-021-03829-8

Millot M, Bertucci F, Lecchini D, Smeets S, René-Trouillefou M, Parmentier E. 2021. Characteristics of sound production and associated mechanisms in the tomtate grunt, Haemulon aurolineatum (Cuvier, 1830) in Caribbean reefs. Belgian Journal of Zoology, 151: 43–56. https://www.belgianjournalofzoology.eu/BJZ/article/view/84

CONTACT LABEX
Malika René-Trouillefou 

Gorette_Haemulon aurolineatum (Haemulidae)

Hachette_Pempheris schomburgkii (Pempheridae)

Crédit images :
Pempheris schomburgkii
Copyright : © reeflifesurvey.com

Haemulon aurolineatum
Copyright :  © reeflifesurvey.com

Le Dr. Frédéric Bertucci enregistrant les poissons de Guadeloupe avec le Pr. Eric Parmentier de l’Université de Liège.
Copyright : © Frédéric Bertucci


WORKSHOP DU LABEX CORAIL
L’utilisation d’outils de conservation inédits pour une gestion innovante des récifs coralliens : le Consortium MANACO

LE SYMPOSIUM & WORKSHOP ManaCo :
13 pays et territoires insulaires océaniens et de l’outre-mer français réunis du 4 au 6 décembre 2019, à Nouméa, en Nouvelle-Calédonie.

En décembre dernier, V. Berteaux-Lecellier, ENTROPIE (campus IRD Nouméa), et S. Joost, le LASIG (Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne) ont organisé, avec l’aide de leurs partenaires*, un symposium international sur la génomique paysagère des récifs coralliens (https://la1ere.francetvinfo.fr/nouvellecaledonie/genetique-sauver-coraux-779721.html). L’évènement a réuni une soixantaine de participants, des scientifiques et des gestionnaires issus de 13 pays et territoires insulaires océaniens et de l’outre-mer français. Au programme : un panorama des avancées scientifiques et des modes de gestion des récifs coralliens, la restitution d’un projet pilote de génomique paysagère (le projet SABLE), un atelier interactif sur cette nouvelle méthodologie et la mise en place d’un réseau d’acteurs clés du patrimoine récifal. Ce réseau est dédié à l’utilisation de nouveaux outils de conservation pour la préservation des récifs coralliens. Les dernières avancées en termes de méthodologie employées et envisagées pour la préservation des récifs coralliens ont notamment été exposées par les interventions successives de la Pre. M. van Oppen (Australie), le Pr N. Satoh (Japon) et le Pr A. Meibom (Suisse) et l’atelier a été l’occasion de présenter les résultats du projet pilote SABLE ainsi que l’outil «DRAPEAU» (https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2020.00609/full#supplementary-material).

MANACO : Un réseau international (http://manaco.ird.nc/) : La pérennisation des récifs coralliens concerne tous les acteurs du patrimoine récifal. Ainsi, des représentants de la société civile, gestionnaires, membres d’associations environnementales ou de comités participatifs de suivis ont été invités à venir échanger avec les scientifiques pendant ces 3 journées. Une volonté des organisateurs était également de partager cette stratégie de génomique paysagère avec d’autres pays du Pacifique et d’autres régions du monde, en particulier l’outre-mer français. Des représentants des Iles Salomon, Vanuatu, Fidji, Iles Cook, Tonga, Wallis et Futuna, Polynésie française, Australie, Japon, Ile de la Réunion et Caraïbe ont ainsi répondu présents et activement participé à ce symposium. A l’issue des discussions, les participants ont créé le réseau international MANACO, dédié aux nouvelles pistes d’acquisition des connaissances et de partages des savoirs, scientifiques et traditionnels. Les organisateurs du symposium espèrent ainsi jeter les bases d'une collaboration fructueuse entre les participants et leurs institutions. En effet, les défis globaux comme le blanchissement des coraux nécessitent des réponses globales. L’article annonçant la création du réseau ManaCo et de ses objectifs vient d’être publié dans la revue Frontiers in Marine Science (https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmars.2020.00609/full).  

* LE ROLE DU LABEX : Ce symposium workshop n’aurait peu avoir lieu sans le soutien financier et logistique de nombreux partenaires, listés ci-dessous (ordre alphabétique). Le LabEx corail est l’un des partenaires ayant contribué au financement du projet.

Ambassade de France en Australie, Centre National de la Recherche Scientifique, Consortium pour la Recherche l’Enseignement Supérieur et l’Innovation de Nouvelle-Calédonie, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, Institut de Recherche pour le Développement, International Coral Reef Initiative, LabEx Corail, Pacific Community, United Nations Environment Progam, Université des Antilles, and Université de la Réunion.

CITATION : O. Selmoni, G.Lecellier, L. Ainley, A. Collin, R. Doucet, V. Dubousquet, H. Feremaito, E. I. Waia, S. Kininmonth, H. Magalon, S. Malimali, A. Maugateau, A. Meibom, S. Mosese, M René-Trouillefou, N. Satoh, M. JH van Oppen, A. Xozamé, M. Yékawene, S. Joost and V. Berteaux-Lecellier. (2020) Using modern conservation tools for innovative management of coral reefs: the MANACO Consortium. Frontiers in Marine Science, 7:609 doi: 10.3389/fmars.2020.00609.


ACTION INCITATIVE DU LABEX CORAIL
La concentration en diméthylsulfoniopropionate (DMSP) dans les coraux et les bénitiers varie selon les associations des espèces qui les entourent.
CRIOBE / ENTROPIE

LA RECHERCHE : Dans un article récemment publié dans la revue Scientific reports, de nouvelles recherches, menées au sein des unités CRIOBE et ENTROPIE et dans le cadre de l'action incitative SYNTOX financée par le LabEx CORAIL, avec les collaborations de l'Université de Hong Kong - Swire institute of Marine Science, du Cawthron Institute, de l’unité EIO et de l’Institut Lavoisier de l'Université Paris-Saclay UVSQ, mettent en évidence l'effet des assemblages benthiques sur le métabolisme du soufre chez deux espèces de coraux et chez le bénitier Tridacna maxima.

Pour mieux comprendre comment les assemblages d'espèces benthiques influencent leurs aptitudes et métabolismes respectifs, les chercheurs ont créé des assemblages artificiels composés d’une, deux ou trois espèces benthiques en utilisant deux espèces de coraux (Pocillopora damicornis et Acropora cytherea) et une espèce de bénitier (T. maxima) et ont notamment mesuré les concentrations de DMSP dans chacune des espèces présentes en utilisant la spectroscopie de résonance magnétique nucléaire (RMN). Le DMSP, produit en grande quantité dans les récifs coralliens, est un composé clé qui joue un rôle central dans le cycle du soufre marin et dans la régulation du climat en tant que précurseur majeur du composé volatil DMS. Les résultats de cette étude ont montré que la concentration de DMSP chez A. cytherea et T. maxima est modulée par la complexité des assemblages d'espèces.

Bien que le DMSP ait été trouvé dans des organismes terrestres et marins, seules quelques espèces sont capables de le produire, parmi lesquelles des algues marines telles que des dinoflagellés, des bactéries et des espèces de coraux. Pour déterminer si les bénitiers pouvaient également contribuer à la production de DMSP, l'équipe a analysé des transcriptomes de T. maxima pour y déceler des enzymes impliquées dans cette biosynthèse. Cette recherche a révélé l'existence dans le génome du bénitier de gènes homologues impliqués dans la production du DMSP.

Dans son ensemble, les résultats suggèrent que le métabolisme du soufre est modulé par les espèces avoisinantes, modifiant ainsi la concentration de DMSP dans les holobiontes étudiés. Les résultats de cette étude offrent de nouvelles perspectives pour les futures recherches à grande échelle sur le cycle du soufre.

LE ROLE DU LABEX : Le financement de cette étude a été assuré par le LabEx CORAIL, à travers le projet SYNTOX, et le CNRS. SynTox est une étude de l’effet antifouling et « warm killer » d’une association tri-espèces : origine(s) et nature(s) des molécules impliquées. De précédents travaux de ce projet avaient révélé que de l’association des coraux P. damicornis et A. cytherea et le bénitier T. maxima, résulte un effet antifouling (Guibert et al., Scientific Reports 2019 ; https://doi.org/10.1038/s41598-019-39268-1) et une sensibilité accrue des bénitiers à l'augmentation de la température de l’eau en présence d’A. cytherea (Guibert et al., Microbiome 2020 ; https://doi.org/10.1186/s40168-020-00835-8). Le projet dans son ensemble s’attache à dévoiler la source et la nature de(s) la molécule(s) responsable(s) des effets observés.

À propos de l'article de la revue

CITATION : Guibert I, Bourdreux F, Bonnard I, Pochon X, Dubousquet V, Raharivelomanana P, Berteaux-Lecellier V, Lecellier G. Dimethylsulfoniopropionate concentration in coral reef invertebrates varies according to species assemblages. Sci Rep. 10 : 9922 (2020).  https://doi.org/10.1038/s41598-020-66290-5

Crédit photo : Dr. V. Berteaux-Lecellier


ACTION INCITATIVE DU LABEX CORAIL
Le métabarcoding révèle des microbiotypes distincts chez le bénitier Tridacna maxima
CRIOBE / ENTROPIE

LA RECHERCHE : Dans un article récemment publié dans la revue Microbiome, des recherches originales menées au sein des unités CRIOBE et ENTROPIE, dans le cadre de l'action incitative SYNTOX financée par le LabEx CORAIL, avec les collaborations de l'Université de Hong Kong - Swire institute of Marine Science -, du Cawthron Institute et de l'Université James Cook, révèlent les effets des assemblages d'espèces benthiques sur le bénitier Tridacna maxima.

Pour la première fois, les chercheurs ont étudié l'influence des assemblages d'espèces benthiques sur la santé des bénitiers, avec ou sans augmentation de la température de l’eau. Pour ce faire, ils ont créé des assemblages artificiels de 3 espèces benthiques : deux espèces de coraux (Pocillopora damicornis et Acropora cytherea) et une espèce de bénitier (Tridacna maxima). Les résultats ont montré que l'état de santé des bénitiers dépendait des espèces avoisinantes. De plus, à l'aide d'une technologie de pointe de multiplexage de l'ADN, l'équipe a également étudié la communauté microbienne des bénitiers. Les chercheurs ont ainsi mis à jour que les bénitiers T. maxima de la population étudiée, recelait différents microbiotypes (groupe de bactéries spécifiques) dont l'un était lié à leur mortalité.

Le microbiome, fait partie intégrante des organismes multicellulaires et contribue à leur santé et à leurs performances physiologiques. Malgré un intérêt accru pour cet axe de recherche, peu de microbiomes d'invertébrés ont encore été étudiés. Le microbiome des bénitiers est particulièrement intéressant car les bénitiers sont exposés à une abondante et grande diversité de microbes conséquence de leur alimentation par filtration. La découverte de la structure spécifique du microbiome, détectable au niveau du genre, est la première description de microbiotype chez les invertébrés. Les résultats suggèrent que, tout comme chez l’homme, des facteurs génétiques pourraient dicter les microbiotypes chez les bénitiers.

L’équipe a découvert que la présence de certains coraux, en particulier de l’espèce Acropora cytherea, entraînait une sensibilité aiguë des bénitiers à l'augmentation de la température de l’eau, qui présentaient alors un taux de mortalité élevé. Les bénitiers sur le point de mourir étaient caractérisés par un microbiotype où les bactéries de la famille des vibrionaceae sont surreprésentées. De futures recherches exploreront la possibilité que le corail A. cytherea pourrait secréter des métabolites réduisant les capacités de défense du bénitier face à une infection de Vibrio.

Dans leur ensemble, les résultats de cette étude suggèrent que la composition du benthos des récifs coralliens, associée à une augmentation de la température de l'eau, pourrait avoir un impact négatif sur la santé des bénitiers et potentiellement sur celle d'autres organismes du récif. Ainsi, les résultats soutiennent l'idée que, à l’image des programmes de conservation et de restauration terrestres, la prise en compte de l'ensemble des assemblages benthiques devrait être inclue dans les stratégies de conservation marine.

LE ROLE DU LABEX : Le financement de cette étude a été assuré par le LabEx CORAIL, à travers le projet SYNTOX, et le CNRS. SynTox est une étude de l’effet antifouling et « warm killer » d’une association tri-espèces : origine(s) et nature(s) des molécules impliquées. De précédents travaux de ce projet avaient révélé que de l’association des coraux Pocillopora damicornis et Acropora cytherea et le bénitier Tridacna maxima, résulte un effet antifouling (Guibert et al., Sc. Reports 2019 ; https://doi.org/10.1038/s41598-019-39268-1 ). Ce projet s’attache à dévoiler la source et la nature de(s) la molécule(s) responsable(s) de ces effets.

Crédit photo : Lauric Thiault

Guibert, I., Lecellier, G., Torda, G. et al. Metabarcoding reveals distinct microbiotypes in the giant clam Tridacna maxima. Microbiome 8, 57 (2020). https://doi.org/10.1186/s40168-020-00835-8

VIDÉO : https://dx.doi.org/10.21203/rs.3.rs-24592/v2 (English)


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
Lewis CELANIE | Étudiant, Master 2 BEE
Université des Antilles / UMR BOREA | 2020

En 2020, le LabEx CORAIL a attribué une bourse de stage à Lewis CELANIE, étudiant en Master 2 BEE (Biodiversité, Ecologie, Evolution) option Ecologie Marine Tropicale à l’Université des Antilles ( Photo 1 ). Ce stage de 6 mois est co-encadré par Charlotte Dromard (UA-BOREA), Etienne Bezault (UA-BOREA) et Françoise Denis (MNHN-BOREA).

CONTEXTE DU STAGE : les diverses perturbations d’origine anthropique qui pèsent sur les récifs coralliens ont entrainé et maintiennent l’occurrence du phénomène de « coral-algal phase-shift ». Dans la Caraïbe, les poissons herbivores (Acanthuridae et Scaridae) sont à présent considérés comme les principaux acteurs de la régulation de la biomasse algale sur les récifs ( Photo 2 ). Ainsi, il est crucial de comprendre la biologie et l’écologie de ces poissons, en abordant des questions de diversité génétique, de dispersion, de plasticité alimentaire, de compétitions intra- ou inter-spécifiques, de complémentarité et de redondance écologique entre les espèces.

OBJECTIF : les objectifs principaux de ce stage sont de 1) déterminer et comparer les niches isotopiques et 2) identifier la structuration génétique de plusieurs populations d’Acanthurus coeruleus (Acanthuridae) et de Sparisoma viride (Scaridae) autour de la Guadeloupe.

METHODOLOGIE : pour cette étude, quatre sites ont été choisis afin de représenter les quatre façades littorales de la Guadeloupe (Grand Cul-de-Sac Marin, Pointe à Lézard, Sainte-Anne et Le Moule). Sur chaque site, entre 12 et 15 individus de chaque espèce (Acanthurus coeruleus et Sparisoma viride) sont collectés en apnée. Pour chaque individu, les analyses isotopiques du carbone et de l’azote sont réalisées pour l’approche écologique des espèces et le séquençage d'un panel de gènes mitochondriaux et nucléaires permettra l’étude de la diversité et des flux géniques entre les populations.

Les échantillonnages et les analyses ont été réalisés pour le moment sur les deux premiers sites d’étude. Deux étudiantes en Master 1 BEE de l’Université des Antilles ont participé activement au démarrage de l’étude, lors d’un stage de six semaines au sein du laboratoire. Anais Sicard et Pauline Bascole ont débuté respectivement l’étude des niches isotopiques et la diversité génétique des deux espèces. Les deux étudiantes ont eu l’opportunité de présenter leur travaux et de participer à un concours de poster scientifiques, lors de la Journée des Laboratoires, organisée par l’Association des jeunes Chercheurs (AJC) fin-février 2020 ( Photo 3 ).

Enfin, les résultats du stage de Lewis Celanie seront présentés lors d’une communication orale durant la cinquième édition de la conférence « Caribaea Initiative Research & Conservation Conference », organisée par l’association Caribaea Initiative, qui se déroulera du 1er au 3 Juin 2020 sur l’île de la Barbade (http://caribaea.org/).

LE ROLE DU LABEX : le financement de la bourse de stage par le LabEx CORAIL permet d’initier un nouvel axe de recherche à l’Université des Antilles (UMR BOREA), sur l’écologie trophique et génétique des poissons herbivores. Les résultats des travaux de stage permettront par la suite de proposer des études à plus large échelle spatiale (région Caraïbe) ou sur un plus grand nombre d’espèces.

Crédit images: E.Bezault (1 ), A. Weckel (2) et Y. Debaut (3)

Contact : Charlotte Dromard

 


WORKSHOP
Professeur Franck Dolique
Université des Antilles / UMR BOREA
2018-2019
Projet : REEFSTOR'SAND 

En octobre et novembre 2019, dans le cadre de l'action incitative REEFSTOR'SAND financée par le LabEx CORAIL, le Professeur Franck Dolique de l'Université des Antilles/ UMR BOREA a effectué une mission à Mayotte afin de rencontrer les acteurs du projet ALLIANCE qui travaillent sur les effets de la subsidence d'origine volcanique de l'île sur les écosystèmes coralliens. L’objectif de cette mission était de rencontrer les acteurs sur place, de les intégrer à l'action REEFSTOR'SAND, et d'observer par une campagne de mesures quelles sont premiers effets observables de la subsidence sur les systèmes morphosédimentaires en milieu récifal.

Les acteurs rencontrés étaient :

  • Matthieu JEANSON, MCF au CUFR (Centre Universitaire et de Formation Régionale de Mayotte ; UMR ESPACE-DEV)
  • Thomas CLAVERIE, MCF au CUFR, UMR MARBEC
  • Jean TRIBOULET, MCF, Université de Nîmes, UMR LIRMM
  • Yann MERCKY, technicien, CUFR, UMR MARBEC 
  • Edward ANTHONY, Pr. Aix-Marseille, CNRS, USR LEEISA

Role du LabEx CORAIL : Cette mission, financée par le LabEx CORAIL, correspond à la phase 1 des meetings de l'action REEFSTOR'SAND, qui comprendra également au cours de l'année 2020 la mise en place de réunions d'acteurs en Polynésie (CRIOBE en mars) ; à l'Université de Perpignan (mai ou juin) et un workshop final en juin à l'EPHE de Dinard. Ces réunions aboutiront à la mise en place d'un réseau susceptible de déposer un projet d'excellence auprès de l'ANR, la Fondation de France et sur des projets FEDER.

Grace au LabEx CORAIL, cette première réunion de terrain à Mayotte nous a permis de mettre en place un protocole méthodologique solide sur les caractérisations tidales et subtidales des flux sédimentaires en 3D.

Photos : Mise en place de cibles géoréférencées pour la levée photogrammétrique en 3 dimensions du récif frangeant de BANDRELE (Mayotte)

Contact : Franck Dolique

 


PROFESSEUR INVITÉ
DR CARL MEYER
Université de Hawaii, USA | 2018-2019
Porteur : Eric Clua, Directeur d'Études, École Pratique des Hautes Études (EPHE)/CRIOBE USR 3278

Grâce à un financement du Labex de « professeur invité » obtenu en 2018, le Dr Carl Meyer, scientifique de premier plan concernant l’écologie des requins, a pu séjourner en 2019 au CRIOBE à Moorea où il a collaboré avec le Dr Eric Clua, directeur d’études EPHE. Les deux spécialistes ont pu mettre en perspectives leurs travaux en cours sur le requin tigre Galeocerdo cuvier, espèce emblématique qui est notamment impliquée dans l’écotourisme de plongée en Polynésie française et sur des morsures parfois mortelles sur les surfeurs hawaiiens. De cette collaboration a émergée dès janvier 2020 la publication d’un article scientifique dans Fisheries research (Bègues et al. 2020) sur la prévalence des hameçons autour de la bouche des grands squales liés à leurs interactions fréquentes avec les pêcheries hauturières en Polynésie. Cet article a eu un écho national en France avec la parution d’articles dans la presse nationale (dont Libération) et une invitation de E. Clua à l’émission de France Inter-Inter « la Terre au carré » le mardi 28 janvier. Les deux spécialistes ont aussi mis à profit ce séjour pour élaborer un projet d’étude du requin tigre en Polynésie française qui doit mêler écologie comportementale et éthologie pure à diverses échelles spatiales et temporelles, afin de mieux cerner les enjeux de cette espèce au sommet de la pyramide trophique et au rôle central au sein des écosystèmes coralliens. Un requin tigre de 4 mètres a même été marqué acoustiquement à la mi-décembre dans les eaux de Tahiti. En attendant de nouveaux séjour et marquages avec C. Meyer en Polynésie française !

Crédit images : Eric CLUA/CRIOBE

Contact : Eric Clua

 


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
FRÉDÉRIC BERTUCCI
Post-Doctorant | Université des Antilles (UA), Guadeloupe | 2019-2020
Responsable(s) : Malika René Trouillefou, Maître de Conférences, Université des Antilles (UA), et David Lecchini, Directeur d'Études, École Pratique des Hautes Études (EPHE)/CRIOBE USR 3278 PSL Université Paris : EPHE-CNRS-UPVD

En 2019, le LabEx CORAIL a octroyé une bourse post-doctorale au projet EMuL (Etude multi-disciplinaire du littoral ultramarin face aux pressions anthropiques) utilisant l’acoustique passive afin de caractériser l’impact de l’aménagement du littoral dans l’Outre-mer.

OBJECTIF : Le projet EMul a pour but d’étudier l’effet des activités anthropiques sur les indices acoustiques présents dans les environnements sous-marins, en lien avec la qualité du recrutement larvaire et la diversité ichtyologique de Guadeloupe.

LA RECHERCHE : Accueilli au sein de l’Unité BOREA à l’Université des Antilles en Guadeloupe, Frédéric Bertucci (post-doctorant UA-EPHE) pose régulièrement ses micros dans différents habitats du littoral guadeloupéen (mangroves, récifs, herbiers, ports …) afin d’enregistrer et décrire leurs dynamiques acoustiques. En parallèle et afin de pouvoir identifier le maximum d’espèces vocales présentes sur le littoral, il enregistre de nombreuses espèces de poissons en laboratoire. A ce jour, près d’une dizaine d’espèces de la caraïbe ont été enregistrées et permettent de rendre compte pour la première fois de la diversité acoustique de cette région ultramarine française.

L’écologie acoustique fournit ainsi de nouveaux indicateurs pour juger de la qualité des habitats sous-marins du littoral. A plus long terme, les résultats de ces études contribueront à mieux penser la planification spatiale et plus largement l’aménagement du territoire, en préservant la biodiversité marine dans l’Outre-mer français.

En 2020, Mlle Anaïs Hillion, étudiante en 1ere année du Master BEE de l’Université des Antilles effectuera un stage de 6 semaines (Janvier-Février) dans le cadre du projet afin d’étudier 2 sites de Guadeloupe. Elle sera rejointe par Mlle Céline Greeven, étudiante en 2e année de Master à l’Université de Liège qui s’intéressera durant 5 mois (Fevrier-Juin) aux poisons coffres dans la cadre de son mémoire de fin d’études.

LE ROLE DU LABEX : Ce financement permet pour la première fois de mener des études d’écologie acoustique dans la caraïbe francophone et permet une collaboration entre 2 régions de l’Outre-mer : la Guadeloupe et la Polynésie française. Ce projet inter-régions du LABEX a permis outre le partenariat nouveau entre organismes (Unité BOREA et CRIOBE) et chercheurs du LABEX (Pr. Claude Bouchon, Dr. Malika René-Trouillefou, Pr. David Lecchini), d’initier de nouveaux partenariats sur le territoire de Guadeloupe et de structurer de nouveaux projets collaboratifs. Parmi les partenariats initiés dans le cadre du projet EMuL figurent l’Aquarium de Guadeloupe (Thomas Godoc), le BRGM (Ywenn De La Torre), l’association Kap Natirel (Océane Beaufort) auxquels pourrait s’ajouter le Parc National de la Guadeloupe.

Le projet EMuL a également participé à la diffusion des connaissances et des actions du LABEX vers le grand public, à la fois vers des élèves de Terminale Scientifique, lors de la semaine du développement durable du lycée Gerville-Réache de Basse-Terre (19 février 2019) ou lors des 2nde rencontres scientifiques organisées par la Région Guadeloupe (17-18 janvier 2019) à l’Université des Antilles.

Les premiers résultats ont été présentés lors d’une communication orale lors du « Caribbean Scientific Innovation Meeting » qui s’est déroulé du 19 au 22 Octobre 2019 à l’Université des Antilles en Guadeloupe. Une autre communication orale s’effectuera lors du colloque « Vulnérabilités du Patrimoine Récifal » organisé à Montpellier du 10 au 12 Décembre 2019.

Crédit images : P.Y. Pascal

Contact : Fréderic Bertucci
SiteWeb :  sites.google.com/view/fredericbertucci

 


Présentation LabEX CORAIL
LabEx CORAIL : Les récifs coralliens face au changement global de la planète
Décembre 2018

Le 18 décembre, à la Maison des Océans à Paris, lors d'un événement organisé par le LabEx CORAIL en partenariat avec l'Institut océanographique, la Fondation Albert Ier, Prince de Monaco et l'Université de recherche PSL, près de 300 personnes se sont réunies pour célébrer les récifs coralliens. L'événement a également marqué la clôture officielle de l'Année Internationale des Récifs Coralliens, en France.

Lors de l’événement, les principales réalisations du LabEx CORAIL (2010-2017) ainsi qu'un grand nombre des travaux de recherche LabEx financés ont été présentés. Cliquez ici pour voir la présentation dans son intégralité.


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
PAULINE FEY
Doctorante | Université de Nouvelle Caledonie | CRIOBE | 2015-2018

Le LabEx CORAIL a octroyé en 2015 une bourse au projet de thèse RETROMAR portant sur l’étude de l’écosystème corallien des îles Marquises, en Polynésie française.

OBJECTIF : L’objectif principal de cette thèse est de caractériser le fonctionnement des réseaux trophiques côtiers marquisiens par une approche multi-traceurs (isotopes stables, acides gras marqueurs trophiques et isotopie sur composés spécifiques).

LA RECHERCHE : Dans ce cadre deux missions d’échantillonnage ont été réalisées sur l’île principale de l’archipel des Marquises: Nuku Hiva. Nuku Hiva présente l’avantage d’être positionnée dans la zone des Marquises où les processus physiques et biologiques sont généralement les plus intenses. Les eaux de surface y sont mieux mélangées, plus riches en éléments nutritifs et ont des concentrations en Chl-a (proxy du phytoplancton) en moyenne trois fois supérieures que la zone sud. Cette île présente également, avec Ua Huka, les plus grandes diversités en espèces pour la flore marine benthique.

Concernant les poissons côtiers, la diversité, la structure de taille et la structure trophique sont relativement similaires d’une île à l’autre et donc d’une région à l’autre. Les abondances sont toutefois plus fortes au nord de l’archipel et notamment autour des grandes îles. Ainsi, bien que l’étude d’une seule île ne permette pas de faire de projections précises sur l’ensemble de l’archipel, les caractéristiques évoquées précédemment font de Nuku Hiva un excellent modèle pour l’étude des relations trophiques du système côtier marquisien.

Les deux missions, l’une en août 2016 et la seconde en mars 2017, ont permis de collecter 2527 échantillons appartenant à différents compartiments trophiques.

LE ROLE DU LABEX : Ce projet, supporté financièrement par le LabEx, a permis de travailler et collaborer avec plusieurs scientifiques issus de différents laboratoires et institutions partout dans le monde: Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC), EPHE-CRIOBE, Université de la Polynésie Française (UPF), IRD nouméa et Tahiti, Muséum National d’Histoire Naturelle (MNHN), University of California-Davis, Université de La Rochelle LIENSs, Ifremer, Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO) Aix Marseille.

Ma thèse en 180 secondes


LES BOURSES DU LABEX CORAIL
HENDRIKJE JORISSEN
Doctorante | EPHE (CRIOBE) | 2016-2019

En 2016, le LabEx CORAIL a octroyé une bourse doctorale au projet CORALINE portant sur l’étude des algues corallines et de leur importance pour le recrutement corallien à Moorea, en Polynésie française.

OBJECTIF : Le projet CORALINE a pour but de comprendre l’association intime algue coralline - corail.

LA RECHERCHE : Les algues corallines sont, après les coraux, les deuxièmes bâtisseurs des récifs coralliens. Pourtant, leur rôle est loin de se limiter à la construction de l'édifice corallien; elles pourraient avoir un rôle-clé comme attracteur de larves de coraux et contribuer à l’ensemencement du microbiome de ces derniers lors des premiers stades de vie. Le projet propose d’unir observations sur le terrain, expériences en laboratoire et techniques de pointe en génétique, microbiologie et écologie chimique et métabolomique environnementale pour caractériser la nature de l’interaction microbienne et chimique entre ces deux holobiontes.

Le projet s’intéresse également aux effets de l’acidification des océans en collaboration avec le projet ACID REEFS financé par la Fondation de France. Si l’augmentation de la température de l’eau de mer a des effets dévastateurs sur les récifs coralliens, il existe aujourd’hui un autre problème : l’acidification des océans (AO). En fragilisant le squelette des algues corallines et en modifiant leurs caractéristiques microbiennes et chimiques, l’AO pourrait entraîner un affaiblissement des structures coralliennes édifiées et une chute du recrutement corallien autour des îles tropicales et avoir des répercussions sur la biodiversité de ces écosystèmes et leurs services associés.

La doctorante Hendrikje Jorissen (EPHE), supporté financièrement par le LabEx, et l’ingénieur d’étude Yann Lacube (CNRS), soutenu par le projet ACID REEFS, travaillent sur ces sujets. Ils sont accompagnés par Anaïs Martin (étudiante à Paris Descartes) et Rachael Lamore (étudiante à California Polytechnic University). L’équipe a déjà passé plus que deux mois sur le terrain et ils ont collecté plusieurs espèces d’algues corallines. Celles-ci sont acclimatées dans des mésocosmes et exposées à différentes concentrations de CO2 dans les laboratoires du CRIOBE. Les expériences vont durer plusieurs mois au cours desquels les algues corallines seront mises en présence de larves de coraux. Des échantillons seront prélevés au cours des expériences et analysés en métropole.

LE ROLE DU LABEX : En plus de soutenir une équipe de recherche et de permettre la formation d’une jeune doctorante, le LabEx CORAIL va ouvrir de nouvelles portes sur la structuration et le fonctionnement des récifs coralliens et les effets des changements globaux sur les interactions entre organismes.